1、医疗机构病区和非病区的污水，传染病区和非传染病区的污水应分流，不得将固体传染性废物、各种化学废液弃置和倾倒排入下水道。
2、传染病医疗机构和综合医疗机构的传染病房应设专用化粪池，收集经消毒处理后的粪便排泄物等传染性废物。
3、化粪池应按最高日排水量设计，停留时间为24-36h。清掏周期为180-360d。
4、医疗机构的各种特殊排水应单独收集并进行处理后，再排入医院污水处理系统。
（1）低放射性废水应经衰变池处理。
（2）洗相室废液应回收银，并对废液进行处理。
（3）口腔科含汞废水应进行除汞处理。
（4）检验室废水应根据使用化学品的性质单独收集，单独处理。
（5）含油废水应设置隔油池处理。
5、传染病医疗机构和结核病医疗机构污水处理宜采用二级处理+消毒工艺或深度处理+消毒工艺。
6、综合医疗机构污水排放执行排放标准时，宜采用二级处理+消毒工艺或深度处理+消毒工艺；执行预处理标准时宜采用一级处理或一级强化处理+消毒工艺。
7、消毒剂应根据技术经济分析选用，通常使用的有：二氧化氯、次氯酸钠、液氯、紫外线和臭氧等。
（1）采用紫外线消毒，污水悬浮物浓度应小于10 mg/L，照射剂量30-40mJ/cm2,照射接触时间应大于10s或由试验确定。
（2）采用臭氧消毒，污水悬浮物浓度应小于20 mg/L，臭氧用量应大于10mg/L,接触时间应大于12min或由试验确定。